W dniu 5 września 2016 r. Sejm przyjął poprawki zaproponowane przez Senat w zakresie ustawy o zasadach rozliczeń w podatku od towarów i usług oraz dokonywania zwrotu środków publicznych przeznaczonych na realizację projektów finansowanych z udziałem środków pochodzących z budżetu Unii Europejskiej lub od państw członkowskich Europejskiego Porozumienia o Wolnym Handlu przez jednostki samorządu terytorialnego.
Ustawa jest efektem:
- wyroku TSUE z dnia 19 września 2015 r. w sprawie C-276/14, gdzie sąd stwierdził, że jednostki budżetowe nie mają dostatecznej samodzielności, a co za tym idzie – nie są podatnikami na gruncie ustawy o VAT, a także
- uchwały NSA z dnia 26 października 2015 r., sygn. akt I FPS 4/15, gdzie wskazano, że zakład budżetowy nie jest odrębnym od gminy podatnikiem i w stosunkach z podmiotami trzecimi – podatnikiem jest gmina.
Planowane regulacje wskazują, że:
- jednostki samorządu terytorialnego (dalej: JST) są zobowiązane do rozliczania podatku VAT wraz ze wszystkimi jednostkami organizacyjnymi (jednostkami budżetowymi, zakładami budżetowymi, urzędami/starostwami);
- JST zobowiązana jest – przed dniem podjęcia wspólnego rozliczenia (dniem tym może być wyłącznie pierwszy dzień miesiąca) – do złożenia właściwemu naczelnikowi urzędu skarbowego informacji na określonym wzorze o terminie rozpoczęcia wspólnych rozliczeń wraz z wykazem jednostek podlegających wspólnemu rozliczeniu – w sytuacji rozliczeń od 1 stycznia 2017 r. informację należy złożyć do 31 grudnia 2016 r.;
- naczelnik urzędu skarbowego z mocy prawa wykreśli z rejestru podatników jednostki budżetowe i zakłady budżetowe podlegające wspólnemu rozliczeniu – JST zostaną o tym poinformowane.
Wobec tego, najpóźniej do 1 stycznia 2017 r. musi nastąpić centralizacja rozliczeń JST wraz w ich jednostkami organizacyjnymi. Nie dotyczy to jednak jednostek posiadających odrębną od JST osobowość prawną.
W zakresie rozliczeń podatku VAT ustawa przewiduje przede wszystkim:
- utratę zwolnienia z opodatkowania dla jednostek, u których wartość sprzedaży nie przekraczała 150.000 zł;
- stosowanie oddzielnej proporcji sprzedaży dla poszczególnych jednostek nie dłużej niż do końca roku 2017;
- możliwość stosowania dotychczasowych kas fiskalnych – jednak nie dłużej niż do 31 grudnia 2018 r.
Przepisy ustawy wprost wskazują, że w sytuacji zmiany kwalifikowalności podatku naliczonego w związku z wyrokiem TSUE – JST ani jej jednostce nie przysługuje prawo do odliczenia (również w ramach korekty), jeżeli nie został dokonany zwrot środków przeznaczonych na realizację projektów w części dotyczącej zmiany kwalifikowalności podatku.
Ponadto ustawa zawiera regulacje dotyczące:
- zasad dokonywania przez JST korekt rozliczeń w podatku za okresy rozliczeniowe upływające przed dniem podjęcia wspólnych rozliczeń;
- zasad dokonywania przez JST zwrotów środków przeznaczonych na realizację projektów w przypadku zmiany kwalifikowalności podatku w związku z wyrokiem TSUE.
Planowana data wejścia w życie ustawy to 1 października 2016 r.
