Wyrokiem z 20 stycznia 2012 r. (sygn. akt I FSK 577/11) NSA rozstrzygnął, iż na tle ustawy Ordynacja podatkowa istnieje możliwość zaliczenia nadwyżki podatku naliczonego nad należnym na poczet innych zobowiązań podatkowych.
W przedmiotowej sprawie podatnik podał, że w składanych miesięcznych deklaracjach VAT-7 wykazuje regularnie nadpłatę w podatku od towarów i usług do zwrotu na rachunek bankowy. W związku z powyższymi deklaracjami podatnik zamierza składać wnioski o zaliczenie kwoty zwrotu podatku od towarów i usług na poczet innych zobowiązań publicznoprawnych – w podatku od nieruchomości oraz opłaty za korzystanie ze środowiska.
Minister Finansów odmówił podatnikowi prawa do zaliczenia nadwyżki w podatku VAT na poczet innych zaległości publicznoprawnych. Uzasadniając swoje stanowisko stwierdził, że właściwość rzeczowa naczelników urzędów skarbowych nie obejmuje należności z tytułu podatku od nieruchomości oraz opłat z tytułu korzystania ze środowiska, a dokonanie przedmiotowego zwrotu wiązałoby się z naruszeniem zasady działania władzy publicznej na podstawie i w granicach prawa. WSA w Bydgoszczy zaaprobował stanowisko Ministra Finansów.
Tymczasem NSA zajął zgoła odmienne, korzystne dla podatnika stanowisko. NSA wywiódł, że w świetle przepisów Ordynacji podatkowej brak jest jakichkolwiek przeciwskazań do możliwości dokonania kompensaty nadpłaty w podatku od towarów i usług na poczet zobowiązań podatkowych, dla których właściwy jest inny organ podatkowy.
W praktyce komentowany wyrok stwarza dla podatników alternatywę w postaci możliwości dokonania wyboru tego, czy chcą przysługującą im nadwyżkę podatku naliczonego nad należnym:
- otrzymać w postaci zwrotu na rachunek bankowy, bądź
- przeznaczyć na rzecz innych zaległości podatkowych lub publicznoprawnych.
Powyższy wyrok znalazł odzwierciedlenie m.in. w wyroku WSA w Warszawie z 14 marca 2012 r. (sygn. akt III SA/Wa 1707/11).
