W praktyce często pojawiają się problemy z ustaleniem momentu powstania obowiązku podatkowego VAT dla refakturowanych usług, w związku z tym, iż dokonujący refakturowania fizycznie nie wykonuje usługi, a moment powstania obowiązku podatkowego w większości przypadków uzależniony jest właśnie od terminu wykonania usługi.
Przykładem takiej sytuacji mogą być refakturowane usługi transportowe towarów samochodami, dla których obowiązek podatkowy VAT powstaje zgodnie z art. 19 ust. 13 pkt 2 lit a ustawy o VAT tj. z chwilą otrzymania całości lub części zapłaty, nie później jednak niż 30 dnia, licząc od dnia wykonania usługi.
W sprawie będącej przedmiotem rozstrzygnięcia sądu, Minister Finansów w wydanej interpretacji indywidualnej uznał, iż w przypadku refakturowania usług moment ich wykonania jest zbieżny z momentem wykonania usługi pierwotnej. Z takim stanowiskiem nie zgodził się WSA w Rzeszowie w wyroku z 20 października 2011 r. (sygn. I SA/Rz 573/11), który potwierdza, iż:
- nabycie usług i ich późniejsza odsprzedaż (refakturowanie) powinny być dla celów VAT traktowane jako dwie odrębne usługi, w związku z tym
- obowiązek podatkowy dla każdej z tych transakcji należy określać odrębnie, a zatem
- błędnym jest twierdzenie, że usługa refakturowana jest wykonywana w tym samym momencie, w którym jest wykonywana usługa pierwotna.
Dokonując takiego rozstrzygnięcia sąd podzielił stanowisko podatnika, którego zdaniem moment wykonania usługi może zostać określony przez strony transakcji w zawartej umowie i nie musi być zbieżny z momentem wykonania usługi pierwotnej. Dlatego też, precyzyjne określenie w umowie przez strony transakcji momentu wykonania refakturowanej usługi (np. odniesienie do wystawienia faktury), może pozwolić na unikniecie ewentualnych sporów z organami podatkowymi odnośnie poprawności wykazania podatku należnego.
Należy podkreślić, iż poprawność takiego rozwiązanie była potwierdzana przez organy podatkowe, np. w interpretacji indywidualnej z 25 czerwca 2010 r. sygn. IBPP3/443-226/10/AB, zgodnie z którą „o tym czy dana usługa została faktycznie wykonana i kiedy nastąpiło jej wykonanie w całości lub częściowo decyduje zawarta umowa cywilnoprawna”.