W dniu 17 sierpnia 2012 r. NSA skierował pytanie do Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej w sprawie opodatkowania VAT transakcji sprzedaży mienia gminnego (sygn. akt I FSK 1612/11).
Sprawa ma charakter precedensowy, ponieważ jest to pierwszy polski spór podatkowy przed Trybunałem, w którym stroną jest gmina. Sprawa dotyczy opodatkowania organu władzy publicznej, czyli zagadnienia wywołującego trudności praktyczne z uwagi na specyfikę tego podmiotu jako podatnika VAT, działającego często na styku prawa prywatnego i prawa publicznego.
Spór wymaga rozstrzygnięcia, czy gmina, dokonując zbycia nieruchomości (w formie ich sprzedaży lub poprzez wniesienie aportem do spółki prawa handlowego), które wcześniej zostały nabyte przez nią nieodpłatnie i nie były wykorzystywane do jakiejkolwiek działalności gospodarczej (nie były oddane w najem, dzierżawę itp.), będzie występować w związku z tą sprzedażą jako podatnik VAT.
Gmina stanęła na stanowisku, że powyższa transakcja nie jest opodatkowana VAT, gdyż dotyczy sprzedaży majątku niezwiązanego z działalnością gospodarczą Gminy. Na poparcie tego stanowiska Gmina porównała swoją sytuację do sytuacji osoby fizycznej prowadzącej działalność gospodarczą. Z jednej strony bowiem Gmina prowadzi działalność gospodarczą w rozumieniu ustawy VAT, a więc działa jako podatnik VAT, z drugiej zaś wykonuje czynności o charakterze niegospodarczym (np. nabywanie majątku prywatnego).
Organ podatkowy nie uznał powyższej argumentacji Gminy i stwierdził, że skoro Gmina jest zarejestrowana jako czynny podatnik VAT, a zbycie będzie dokonywane w ramach umowy cywilnoprawnej, to taką transakcję należy opodatkować VAT.
Sąd administracyjny podtrzymał stanowisko organu podatkowego, w związku z czym spór zawisł przed NSA, który z kolei uznał za zasadne, aby sprawę skierować do Trybunału Sprawiedliwości UE.
Biorąc pod uwagę specyfikę Gminy jako podatnika VAT i związane z tym trudności praktyczne, wyrok ETS może stanowić istotną wskazówkę interpretacyjną dla tego rodzaju sporów.